Simon i Kamina rođeni su i odrasli u dubokom, podzemnom selu, skrivenom od legendarne površine. Kamina je slobodoumni labavi top s namjerom da se proslavi, dok je Simon plah mladić bez stvarnih težnji. Jednog dana, iskopavajući zemlju, Simon slučajno naleti na misteriozni objekt koji se pokazao ključem paljenja drevnog ratnog artefakta, koji dvojac naziva Lagann. Koristeći svoje novo oružje, Simon i Kamina odbijaju iznenadni napad s površine uz pomoć Yoko Littner, vruće crvenokose maše masivnom puškom koja luta svijetom iznad. Nakon bitke, nebo je sada otvoreno, što tjera Simona i Kaminu na putovanje zajedno s Yoko u istraživanje pustara površine. Ubrzo se pridružuju borbi protiv "Zvijeri", humanoidnih bića koja teroriziraju ostatke čovječanstva u moćnim robotima zvanim "Naoružani ljudi". Iako se suočavaju s nekim izazovima i neuspjesima, trio se hrabro bori s tim novim neprijateljima zajedno s ostalim preživjelima kako bi povratili površinu, dok polako razotkrivaju misterij veličine galaksije.