Prijateljska i iskrena Kobato Hanato ima želju da ode na određeno mesto bez obzira na sve. Da bi ispunila ovu želju, ona ima zadatak da pomaže ljudima u nevolji. Za svako popravljeno slomljeno srce proizvodi se mali fragment nalik bombonu koji puni posebnu bocu. Kada se boca napuni, njena želja će biti ispunjena.

Dok Kobato izvršava svoju misiju zajedno sa svojim pratiocem plišanom igračkom, Jojogijem, ona susreće razne ljude koji su zabrinuti zbog različitih situacija. Od deteta koje se bori sa roditeljima, srednjoškolke koja se muči oko ljubavi, a sve između toga, Kobatin prirodno sladak osmeh i otvorena ličnost spremni su da im ulepšaju dan!