2016. godina PNE, Veliki Mag Solomon spalio je temelje čovečanstva. Chaldea, tajna organizacija sa misijom da sačuva budućnost čovečanstva, predvidela je izumiranje čovečanstva 2015. godine. Tako je započeta operacija popravljanja Jedinstava u istoriji uzrokovanih svetim gralovima rasejanim po vremenu i prostoru - operacija Grand Order. Koristeći tehnologiju putovanja kroz vreme Rayshift, poslednji Chaldein gospodar Ritsuka Fujimaru i njegov polu-sluga Mash Kirielight otputovali su i uzeli šesto Jedinstvo. Sada odlaze na svoje najopasnije odredište do sada: civilizaciju u doba bogova, 2655. godine PNE, Mesopotamija. Ritsuka i Mash uskoro otkrivaju da Demonske Zveri lutaju zemljom, napadajući ljude i gradove. Usred haosa i terora nalazi se poslednja odbrana čovečanstva - Uruk, grad-tvrđava koji deluje kao prva linija borbe protiv zveri. Bojnom frontom komanduje niko drugi do kralj Gilgamesh, kralj heroja, koji je pomoć potražio od Herojskih Duša i preuzeo ulogu maga da zaštiti svoj grad. Zajedno sa Gilgamesh-om i pozvanim slugama, Ritsuka i Mash moraju zaštititi Uruk od napada Demonskih Zveri i pobediti Savez Tri Boginje koji ima za cilj iskorenjivanje čovečanstva; sve to vreme se nad Urukom nadvija veća pretnja, pripremajući se za njegovo buđenje.