Legenda kaže da će zagonetna Milenijumska slagalica ispuniti jednu želju onome ko odgonetne njene drevne tajne. Nakon što je to riješio, srednjoškolac Yuugi Mutou oslobađa "još jednog Yuugija", neobično prisustvo unutar njega. Sad, kad god se suoči s dilemom, ovaj tajnoviti alter ego se pojavi i pomogne mu u nevoljama. U želji da razotkriju misteriju ovog neobičnog duha, Yuugi i njegovi pratioci natječu se s nekoliko protivnika u "Dvobojnim čudovištima", izazovnoj kartaškoj igri koju koriste ljudi koji žele ukrasti Milenijsku zagonetku u očajničkom pokušaju da iskoriste veliku silu iznutra. Kako se pitanja gomilaju, nedugo zatim shvate da je u tim dvobojima više od ponosa.