U dalekoj budućnosti većina ljudi napustila je Zemlju, a Galaktički savez čovječanstva osnovan je kako bi vodio istraživanjima i osiguravao prosperitet čovječanstva. Međutim, javlja se značajna prijetnja u obliku čudnih stvorenja zvanih Hideauze, što rezultira međuzvjezdanim ratom kako bi se spriječilo izumiranje čovječanstva. Naoružan Kamerom, autonomnim robotom, 16-godišnji poručnik Ledo iz Galaktičkog saveza uključuje se u bitku protiv čudovišta. Nesretnim razvojem događaja, Ledo gubi kontrolu tokom bitke i izbačen je u daleke krajeve svemira, slijećući na zemlju preplavljenu vodom. Na plavoj planeti, Gargantia - velika flota otpadnih brodova - nailazi na Chamber i dohvaća je iz okeana, misleći da su spasili nešto vrijedno. Pogrešno postupajući zbog neprijateljstva, Ledo se uvlači i uzima za taoca mladu glasnicu koja se zove Amy, da bi shvatio da stanovnici Gargantije nisu toliko opasni koliko je vjerovao. Suočen sa neizvesnošću i nesposobnim da komunicira sa svojim drugovima u svemiru, Ledo pokušava da se prilagodi i prilagodi novom načinu života. Ali njegovi mirni dani uskoro će biti kratkog vijeka, jer na ovoj planeti prekrivenoj okeanom ima i više nego što se može vidjeti.