Sve je počelo smrću jednog od članova astronomskog kluba. Iz ovoga je oživeo klupski duh o kome se pričalo. Mrzovoljni nesanica Ganta Nakami nailazi na umereno buntovnu, ali ležernu Isaki Magari u napuštenoj osmatračnici astronomskog kluba. Magari se probudi i pokušava da pobegne sa lica mesta, samo da bi to sprečila polomljena vrata, što ju je nateralo da ostane. Njih dvoje stvaraju neverovatno prijateljstvo, što ih navodi da koriste osmatračnicu kao siguran prostor za interakciju. Insomniacs After School prati vreme nesanice Nakamija i Magari u osmatračnici obasjanoj zvezdama dok jedno drugom pomažu da se izbore sa nesanicom i trajnim posledicama koje ona ima na studentski život.