Edvard Elrik, mladi, briljantni alhemičar, izgubio je mnogo u svom dvanaestogodišnjem životu. Kada on i njegov brat Alfons pokušaju da ožive svoju mrtvu majku kroz zabranjeni čin ljudske transmutacije, Edvard gubi brata, kao i dva uda. Svojim vrhunskim veštinama alhemije, Edvard veže Alfonsovu dušu za veliki oklop. Godinu dana kasnije, Edvard, sada unapređen u državnog alhemičara, kreće sa svojim mlađim bratom na put da dobije kamen mudrosti. Priča se da je legendarni mitski predmet sposoban ojača sposobnosti alhemičara, dopuštajući im tako da nadjačaju osnovni zakon alhemije: da bi nešto dobio, alhemičar mora žrtvovati nešto iste vrednosti. Edvard se nada da će privući vojne resurse kako bi pronašao slavni kamen i vratio njegovo i Alfonsovo telo u normalu. Međutim, braća Elrik uskoro otkrivaju da legendarni kamen ima više nego što se čini na prvi pogled, jer su odvedeni u epicentar daleko mračnije bitke nego što su mogli zamisliti.