„Da bi se nešto dobilo, mora se izgubiti nešto jednake vrednosti".

Alhemiju veže ovaj Zakon ekvivalentne razmene - nešto što mlada braća Edvard i Alphonse Elric shvataju tek nakon pokušaja transmutacije ljudi: jedan zabranjeni čin alhemije. Oni plaćaju užasnu cenu svog prestupa - Edvard gubi levu nogu, a Alfons telo. Samo je očajnom žrtvom Edvardove desne ruke u stanju da Alfonsovu dušu zalepi u oklop. Uništeni i sami, nada da će se obojica na kraju vratiti u svoja originalna tela Edvardu daje inspiraciju da dobije metalne udove zvane „automail“ i postane državni alhemičar, Fullmetal Alchemist.

Tri godine kasnije, braća traže Filozofski kamen, mitsku relikviju koja omogućava alhemičaru da prevaziđe zakon ekvivalentne razmene. Čak i sa vojnim saveznicima pukovnikom Roiem Mustangom, poručnikom Rizom Havkeie i potpukovnikom Maes Hughesom na njihovoj strani, braća su uhvaćena u nacionalnu zaveru koja ih vodi ne samo ka pravoj prirodi neuhvatljivog Filozofskog kamena, već i mutnom istorija takođe. Između pronalaska serijskog ubice i trka