Iako se na površini čini da je Iuu Otosaka samo još jedan šarmantan i inteligentan tinejdžer, on ima svoju tajnu - on ima sposobnost da ljudima sklizne u glavu i u potpunosti kontroliše njihovo telo po pet sekundi. Juu već godinama koristi ovu veštinu da bi stekao najviše ocene, što mu je omogućilo da uđe u prestižnu srednju školu. Kada zagonetni Nao Tomori uhvati Iuu koristeći njegovu moć, ona primorava njega i njegovu sestru Aiumi da pređu u Akademiju Hoshinoumi, školu za učenike sa natprirodnim sposobnostima. Učenički savet škole, koji vodi Nao, ima zadatak da tajno prati adolescente koji zloupotrebljavaju svoja ovlašćenja. Iuu je primoran da se pridruži studentskom savetu i zajedno se suočavaju sa strašnim izazovima koji ga približavaju šokantnoj istini da bi njegova, naizgled nepotpuna sposobnost, mogla biti moćnija nego što je ikada mogao zamisliti. Originalna priča Juna Maede, tvorca Angel Beats-a i Clannada-a, Charlotte istražuje natprirodni život ovih tinejdžera i cenu koju moraju platiti za to što su posebni.