Priča započinje kada je jedne noći ubijen srednjoškolac Kazuki Muto spašavajući misterioznu djevojčicu od čudovišta, da bi se probudio u njegovom školskom domu, vjerujući da je to bio san; međutim, ubrzo saznaje da san uopće nije bio san kad ga ogromno zmijoliko čudovište napadne na njega i njegovu sestru. Tokiko Tsumura, djevojka koju je spasio, objašnjava da je čudovište homunculus. Kazuki je napadnut i ubijen kad ju je spašavao; međutim, ona, osjećajući se odgovornom za njega, oživjela ga je stavljajući mu medaljon Kakugane u grudi, služeći kao nadomjesno srce. Kakugane je, kako objašnjava Tokiko, alhemijski uređaj koji, kada se aktivira, poprima određeni oblik zasnovan na korisniku Kakuganea, čineći jedinstvenog Buso Renkina. Buso Renkin je jedina stvar koja može uništiti homunculus čudovište. Koristeći ovo, Kazuki stvara svog Busoa Renkina ("Sunčevo srce", ogroman koplje). Zajedno s Tokiko i njenom Busom Renkin ("Valkyrie suknja", kosa za pogubljenje), Kazuki se uključuje u borbu protiv homunkula i njihovog gospodara.