U jednom starom mističnom svetu borave bića slična duhovima koja nadgledaju pirodni poredak smrtnog carstva. Jedna od njih, mlada devojka po imenu Chun, tek je postala punoletna i ona, percepirajući ljudski svet sama samcata, mora da prođe kroz svoj obred prolaska. Tokom svog boravka u ljudskom svetu, Chun tokom oluje biva uhvaćena u ribarsku mrežu, da bi na kraju bila izbavljena iz iste od strane jednog ljudskog mladića. Međutim, mladić se tokom tog incidenta utapa, a Chun se s osećajem velike griže savesti vraća nazad u svoje carstvo. Posle toga, Chun se sastaje sa Čuvarem duša i odlučuje da žrtvuje pola svog životnog veka kako bi ponovo oživela mladića. Nesvesna svega, Chun se meša u prirodni poredak sveta što sa sobom nosi fatalne posledice. Big Fish and Begonia je priča o žrtvovanju i iskupljenju, o tome kako se Chun izlazi na kraj sa ograničenjem svoje moći i kako se suočava sa smrću, ljubavi i sa svojim sopstvenim emocijama. Chun mora da odluči da li će da žrtvuje sve kako bi spasila ljdskog mladića ili će se pak odreći svoje moralne odgovornosti zarad dobrobiti čovečanstva.