Fuu Kasumi je mlada i nespretna konobarica koja dane provodi mirno radeći u maloj čajnici. Odnosno, sve dok slučajno ne prolije piće po jednoj od svojih mušterija! S grupom samuraja koji je sada neprestano uznemiravaju, Fuu očajnički poziva drugog samuraja u trgovini, Mugena, koji ih brzo poražava svojom divljom borbenom tehnikom, koristeći pokrete koji podsjećaju na breakdance. Na nesreću, Mugen odluči izbiti borbu s nevoljnim ronin Jinom, koji vlada preciznijim i tradicionalnijim stilom borbe mačeva, a ovaj se pokazao kao strašan protivnik. Jedini problem je što na kraju uništavaju cijelu trgovinu, kao i slučajno ubijaju sina lokalnog suca.
Za svoj zločin, dvojica samuraja su zarobljeni i postavljeni za pogubljenje. Međutim, spašava ih Fuu, koja dvojac angažira kao svoje tjelohranitelje. Iako se više nema gdje vratiti, bivša konobarica želi pronaći određenog samuraja koji miriše na suncokret i za to traži pomoć sada oslobođenog para. Uprkos tome što u početku nisu odobravali ovu ideju, njih dvoje se na kraju dogovore da pomognu djevojci u njenoj potrazi; tako se trio upušta u avanturu kako bi pronašao ovog misterioznog ratnika – to jest, ako Fuu može spriječiti Mugena i Jina da se međusobno ne ubiju.
Smješten u alternativnom Edo Periodu Japana, Samurai Champloo prati putovanje ove tri ekscentrične osobe u epskoj potrazi punoj akcije, komedije i dinamične borbe mačeva, sve postavljene u ritmu jedinstvenog hip-hop ulivenog soundtracka.