Natsume Yuujinchou San prati Takaši Natsumea, dečaka koji može da vidi youkaije. Natsume i njegov telohranitelj Madara, nadimka Njanko-sensei, nastavljaju svoju potragu za oslobađanjem youkaija iz njihovih ugovora u „Knjizi prijatelja“.
Natsume se pomiri sa sposobnošću da vas vidi i prestaje da o tome razmišlja kao o prokletstvu.
Kako provodi više vremena sa svojim ljudima i youkai prijateljima, shvata koliko ih oboje ceni i odlučuje da ne mora da bira između duha i ljudskog sveta da bi bio srećan.
