Digitalni svijet je u ratnom stanju, a zla Bagra Vojska pokušava prikupiti fragmente Code Crown. Tko uspije sakupiti svih 108 fragmenata, postat će kralj digitalnog svijeta. Zla skupina Digimona, poznata kao Vojska Bagre, odlučna je da se dočepa Kronske krune.
U Digimon Xros Warsu pojavljuje se Taiki Kudou, srednjoškolac koji voli nogomet i koji će se uvijek potruditi da pomogne ljudima u nevolji. Kad jednog dana izađe sa svojim prijateljima Akari Hinomoto i Zenjirou Tsurugi, začuje glas kako doziva pomoć. Istražujući situaciju, susreće Digimona po imenu Shoutmon koji je teško ranjen u obližnjoj uličici. Koristeći snagu čudnog uređaja nazvanog Xros Loader, Taiki uspijeva spasiti Shoutmonov život, ali ga zajedno s Akarijem i Zenjirouom uvlače u Digitalni svijet.
Odlučni da zli Bagra ne dopusti svoj put, Taiki i njegovi prijatelji pridružuju se Shoutmonu i drugim lokalnim Digimonima kako bi formirali vlastitu vojsku poznatu kao Xros Heart. Sada se Xros Heart mora probiti kroz Digital World kako bi prikupio fragmente Code Crown i porazio vojsku Bagra, ali Taiki i njegovi prijatelji nisu jedini ljudi koji su uhvaćeni u ovom ratu čudovišta …
