2015. godine svet stoji na ivici uništenja. Poslednja nada čovečanstva leži u rukama Nerva, posebne agencije pod okriljem Ujedinjenih nacija, i njihovih Evanđeliona, džinovskih mašina sposobnih da pobede Anđele koji su najavili propast Zemlje. Gendou Ikari, šef organizacije, traži kompatibilne pilote koji se mogu sinhronizovati sa Evangelionima i ostvariti njihov istinski potencijal. U ovom odbrambenom poduhvatu pomažu talentovano osoblje Misato Katsuragi, šef taktičkih operacija, i Ritsuko Akagi, glavni naučnik.

Lice u lice sa ocem, prvi put posle mnogo godina, prosečan život 14-godišnjeg Shinji Ikarija nepovratno se menja kada ga odvedu u dubine Nerva i u mučnu novu sudbinu - on mora postati pilot Evangeliona Jedinica-01 sa sudbinom čovečanstva na ramenima.

Napisao Hideaki Anno, Neon Genesis Evangelion je herojska priča o dečaku koji će postati legenda. Ali kako se ova psihološka drama razvija, drevne tajne ispod velike slike počinju da izbijaju na površinu ...