Skriveni u očima, duhovi poznati kao joukaii naseljavaju svet. Iako je većina bezopasna, određena podskupina ugrožava blagi mir između joukaija i čovečanstva. Otkako je pristala da postane njihova „Boginja mudrosti“, Kotoko Ivanaga je poslužila kao posrednik između dve sfere, rešavajući sve natprirodne probleme koji joj se nađu na putu.

U lokalnoj bolnici, Kotoko se obraća Kurou Sakuragavi, studentu univerziteta čija se dugogodišnja veza završila nesrećnim prekidom. Kotoko gaji osećanja prema njemu i sumnja da se u njegovom bezazlenom izgledu krije nešto natprirodno, pa pita Kuroua za pomoć u pružanju pomoći joukaijima.

Dve godine kasnije, vest o idolu kojeg su slučajno do smrti satrle čelične grede preplavila je štampu. Međutim, mesecima kasnije, viđenja počinju da govore o bezličnoj ženi koja ima čeličnu gredu. Kao što je slučaj sa bilo kojim natprirodnim problemom, Kotoko i njen partner pokušali su da spreče ovaj duh da pustoši - ali ovaj slučaj se može pokazati mnogo zlokobniji i ličniji nego što su ikada mogli pomisliti.