Nakon što su Makoto Naegi i njegovi kolege preživeli izbegli Akademiju Hope's Peak u svet šireg sveta, uskoro se pridružuju Fondaciji za budućnost, organizaciji posvećenoj borbi protiv očaja. Taman kada se čini da svi gledaju gore, Naegi je uhapšen i suđen za izdaju zbog odbrane zlonamerne grupe Ostaci očaja. Stojeći pred svim rukovodiocima Fondacije za budućnost, on se, zajedno sa Kiouko Kirigiri i Aoi Asahinom, suočava sa nepoznatom sudbinom. Predmet koji eskalira eskalira samo kada navodno neprobojnu bezbednost organizacije hakuje a poznato lice: Monokuma. Na Naegijev užas, mehanički medved odmah najavljuje početak nove igre ubijanja, jer nekoliko trenutaka kasnije, prva žrtva se pojavljuje kao signal za očaj da nastavi sa svojim brutalnim osvajanjem. Zaključujući Danganronpinu priču o nadi i očaju, Naegi, srećni učenik na nivou srednje škole, mora ponovo da razotkrije misteriju dok njegove kolege i prijatelji počinju da padaju oko njega. Međutim, više nema razrednih suđenja; među 16 očajnih učesnika postoji samo jedan ubica - i njihova smrt znači kraj ove paklene igre.