Prije mnogo godina, nakon završetka krvavog svjetskog rata, čovječanstvo se sklonilo u šest gradova-država koji su bili mirni i savršeni ... barem na površini. Međutim, Shion - elitni stanovnik grada-države broj 6 - stekao je novu perspektivu svijeta u kojem živi zahvaljujući slučajnom susretu s tajanstvenim dječakom Nezumijem. Pokazalo se da je Nezumi samo jedan od mnogih koji su živjeli u pustoj pustoši izvan zidova navodne utopije. No, unatoč saznanju da je drugi dječak bjegunac, Shion ga je odlučio primiti na noć i zaštititi ga, što je rezultiralo drastičnim posljedicama: zbog njegovih postupaka Shion i njegova majka izgubili su status elite i preseljeni su drugdje, i počela se davati na znanje tamnija strana grada. Sada, dugo nakon njihovog prvog sastanka koji je promijenio život, Shion i Nezumi napokon su ponovno okupljeni - bivša elita i dječak u bijegu upravo će krenuti u avanturu koja će s vremenom otkriti potresne tajne Broj 6.