Posle godinu dana boravka u Americi, Kurisu Makise se vraća u Akihabaru i ponovo se okuplja sa Rintarou Okabe. Međutim, njihovo ponovno okupljanje je prekinuto kada Okabe počne da doživljava ponavljajuće bliceve ​​drugih vremenskih linija, jer posledice njegovog putovanja kroz vreme počinju da se manifestuju. Ovi neželjeni efekti na kraju kulminiraju tako što Okabe iznenada nestaje iz sveta, a samo zaprepašćeni Kurisu se seća svog postojanja.

Usred očaja Kurisu se suočava sa zaista mukotrpnim izborom koji će testirati i njenu dužnost naučnika i odanost kao prijatelja: sledite Okabeove savete i klonite se putovanja kroz vreme kako biste izbegli potencijalne posledice koje bi to moglo imati na svetske linije ili je zanemarite da biste spasili osobu koju najviše ceni. Bez obzira na njenu odluku, put koji ona odabere put koji će uticati na prošlost, sadašnjost i budućnost.