Fantomi: natprirodni entiteti kao što su duhovi ili ioukai za koje se donedavno mislilo da su sujeverje. Međutim, kada se virus koji zarazi mozak proširi čitavim društvom, percepcija ljudi o svetu se menja kada se otkrije da mitska bića sve vreme žive zajedno sa čovečanstvom. Ovaj virus je takođe značajno uticao na one sledeće generacije, omogućavajući im da razviju posebne sposobnosti koje mogu da koriste u borbi protiv opasnih fantoma. Haruhiko Ichijou i Mai Kavakami su dvoje onih kojima je dana takva moć, jer Haruhiko ima sposobnost pozivanja i pečaćenja fantoma kroz crteže, dok Mai snagu elemenata uliva u borilačke veštine. Zajedno, zajedno sa prijateljskim fantomom Ruruom, čine tim E Akademije Hosea koji je posvećen suočavanju sa ovim često nestašnim bićima. U svetu gde se stvarno i nadrealno prepliću, Musaigen no Phantom Vorld prati avanture grupe prijatelja dok se nose sa svakodnevnim nevoljama koje fantomi izazivaju