Groteskna čudovišta nalik Godzil,i pod nazivom “Kaidžu”, već dugi niz godina se širom Japana pojavljuju. U borbi protiv ovih zveri, elitna vojna jedinica poznata kao Odbrambeni korpus svakodnevno rizikuje svoje živote kako bi zaštitila civile. Kada takvo stvorenje bude ubijeno, „čistači“ — koji rade u okviru Profesionalne Kaidžu Korporacije za Čišćenje — prepušteni su da odlože njegove ostatke. Kafka Hibino, tridesetdvogodišnji muškarac, nije zadovoljan svojim poslom čistača. Od mladosti je težio ka tome da se pridruži Odbrambenom korpusu i da ubija Kaidžue. Međutim, nakon nekoliko neuspelih pokušaja, odustao je od svojih snova i pomirio se sa osrednjošću, koja mu je pružala pristojnu platu. Ipak, kada se ambiciozni, osamnaestogodišnji regrut pod imenom Reno Ičikava pridruži njegovom timu za čišćenje, Kafka se još jednom priseća svoje želje. Prateći niz nesrećnih događaja i interakciju sa mlađim čistačem, Kafka nailazi na Kaidžua parazita, koji mu ulazi u usta – pretvarajući ga u čudovište.