Četrnaest godina nakon Trećeg utjecaja, Zemlja je postapokaliptična pustoš, ljudska civilizacija je u ruševinama, a ljudi za koje Shinji zna da su gotovo neprepoznatljivi. Zarobljen unutar Evangelion jedinice-01, iz svemira ga oporavljaju Asuka i Mari, da bi se našao zarobljenik Willea, vojne frakcije koju je vodio njegov bivši skrbnik Misato Katsuragi. Hladni i ogorčeni, njegovi bivši saveznici na njega gledaju sumnjičavo i odbijaju ga podržati dok se pomiri s posljedicama svojih postupaka. Povrijeđenog i zbunjenog Shinjija spasi od Willea Rei i vrati ga u sjedište Nerva. Tamo upoznaje i brzo se sprijatelji sa zagonetnom Kaworu Nagisom, koja mu nudi toplinu i uvid u stanje Nervinog rata s Anđelima. No, kratki predah Shinjija i Kaworua leži uoči nove bitke, u kojoj Shinji utvrđuje da njegovi neprijatelji više nisu Anđeli već bivši drugovi. U ovom ogorčenom sučeljavanju radi određivanja budućnosti svijeta, Shinji će iz prve ruke naučiti da se prošlost doista ne može poništiti.