U bliskoj budućnosti, neočekivani porast nivoa mora ostavio je veći dio ljudske civilizacije pod vodom. Ikaruga Nacuki, mladić koji je izgubio majku i nogu u nesreći nekoliko godina ranije, vraća se razočaran teškim životom u velikom gradu, otkrivajući da je njegova stara seoska kuća uveliko potopljena. Bez porodice, posjeduje samo brod i podmornicu koje mu je ostavila baka, koja je ujedno i morski geolog, zajedno s njezinim dugovima. Jedina nada da povrati izgubljene snove za budućnost dolazi kroz priliku koju mu pruža sumnjiva sakupljačica dugova, Katrin. Oni se otisnu u potragu za potonulim ostacima bakinog laboratorija, u nadi da će pronaći blago o kojem se šuška da je tamo ostavila. No, umjesto bogatstva ili dragulja, pronalaze čudnu djevojku koja spava u kapsuli na dnu mora. To je Atri. Atri je robot, ali njezin izgled i bogatstvo emocija mogli bi zavarati bilo koga da je stvarno ljudsko biće. Kao zahvalu što su je spasili, Atri se obvezuje Nacukiju: "Želim ispuniti posljednju naredbu svoje gospodarice. Dok to ne učinim, biću tvoja noga!" U malom gradu kojeg polako guta ocean, započinje nezaboravno ljeto za ovog mladića i misterioznu robotsku djevojku Atri...