Kad prijetnja anđeoskom prijetnjom eskalira, obrambene snage čovječanstva potisnute su do krajnjih granica, a Nerv je na čelu borbe. Shinjiju Ikariju i njegovom partneru Rei Ayanamiju pomažu dva nova pilota: vatrena Asuka Langley Shikinami i tajanstvena Mari Illustrious Makinami.
Uz pomoć svojih mehaniziranih jedinica Evangeliona, opremljenih oružjem savršenim za angažiranje njihovih čudovišnih protivnika, četvero mladih duša očajnički se bore kako bi zaštitili svoje najmilije i spriječili nadolazeću apokalipsu. No kad se iznenade zapanjujuće tajne, hoće li se najveći izazov junaka pokazati čudovišta … ili samo čovječanstvo?